輸精管結扎術雖然是小手術，但若處理不當也會出現并發癥。從近期看有出血、感染；從遠期看，有痛性結節、附睪郁積癥、性功能障礙和前列腺炎。常見的并發癥有以下幾種：

　　(1)結扎后出血，一般發生在24小時內。外出血型指血液向外流，易于發現；內出血型因積血部位不同，分為陰囊皮下淤血、精索血腫和陰囊血腫。出血程度有輕有重，處理要積極及時，更應注意預防。除醫生需要注意外，受術者也應密切配合，如術后不能過早參加重體力勞動和劇烈運動。凡能使手術區受到過度摩擦、牽拉和使線頭脫落致出血的活動都應禁忌。休息7天后才能逐漸恢復勞動。術后也需禁忌房事2周左右。

　　(2)切口感染和生殖系統炎癥。切口周圍有紅、腫、熱和痛等炎癥表現。可分為切口感染、精索附睪炎、前列腺和精囊炎。

　　術后應注意保護好傷口，不要把包扎的敷料碰落或洗擦傷口。上述癥狀嚴重時應去醫院就診。

　　(3)痛性結節。有些受術者術后在結扎局部出現痛性結節。術后1個月以上在結扎部位仍有局部疼痛、壓痛和結節，可診斷為痛性結節。這是創傷引起的組織反應，多數無自覺癥狀，主要原因是結扎線頭和感染所致的慢性炎癥、精液肉芽腫和神經纖維瘤樣增生性結節。

　　(4)附睪郁積癥。

　　(5)結扎后輸精管皮膚瘺，陰囊前壁可見直徑約4—6毫米的瘺孔，有精液和膿液外溢，擠壓患側睪丸時可見溢出增加，鏡檢可見精子、膿球、白血球。切除瘺管、結扎近端、還納復位、放置引流條，很快就可愈合。

　　(6)個別人在手術后出現性功能障礙主要是心理因素所造成的。